Nidifican en árboles y son amantes de su territorio, en el que disponen de varios nidos utilizados en rotación. Estos nidos, según los árboles disponibles (normalmente alcornoques y pinos), pueden estar en lo alto y también a poca altura.

A principios de año comienza su llamativo cortejo, de manera que hacia marzo ya están las parejas consolidadas. Es en esta época, durante la reproducción, cuando más sensible es el águila imperial a la presencia humana. Incluso puede abandonar la puesta si es molestado y nidificar de nuevo en un lugar más tranquilo.